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核酸質(zhì)譜分析系統(tǒng)是一種物理方法，其基本原理是使試樣中各組分在離子源中發(fā)生電離，生成不同荷質(zhì)比的帶正電荷的離子，經(jīng)加速電場的作用，形成離子束，進入質(zhì)量分析器。在質(zhì)量分析器中，再利用電場和磁場使發(fā)生相反的速度色散，將它們分別聚焦而得到質(zhì)譜圖，從而確定其質(zhì)量。
核酸質(zhì)譜分析系統(tǒng)分離和檢測不同同位素的儀器。即根據(jù)帶電粒子在電磁場中能夠偏轉(zhuǎn)的原理，按物質(zhì)原子、分子或分子碎片的質(zhì)量差異進行分離和檢測物質(zhì)組成的一類儀器。

核酸質(zhì)譜分析系統(tǒng)通過測定離子化生物分子的質(zhì)荷比便可得到相關(guān)分子的質(zhì)量。但以來，質(zhì)譜方法于小分子和中等分子的研究，由于要將質(zhì)譜應用于生物大分子需要將之制備成氣相帶電分子，然后在真空中物理分解成離子。但如何使蛋白分子經(jīng)受住離子化過程轉(zhuǎn)成氣相帶電的離子而又不喪失其結(jié)構(gòu)外形是個困難。

核酸質(zhì)譜分析系統(tǒng)由進樣系統(tǒng)、電離源、質(zhì)量分析器、真空系統(tǒng)和檢測系統(tǒng)構(gòu)成。
1、真空系統(tǒng)
質(zhì)譜儀中所有部分均要處高度真空的條件下,其作用是減少離子碰撞損失。真空度過低，將會引起：
a)氧會燒壞離子源燈絲；
b)引起其它分子離子反應，使質(zhì)譜圖復雜化；
c)干擾離子源正常調(diào)節(jié)；
d)用作加速離子的幾千伏高壓會引起放電。
2、進樣系統(tǒng)
對進樣系統(tǒng)的要求：重復性、不引起真空度降低。
進樣方式：
a)間歇式進樣：適于氣體、沸點低且易揮發(fā)的液體、中等蒸汽壓固體。